Bien avant la création de la première Poké Ball, Lucario et son maître, le Seigneur Aaron combattent pour un royaume encerclé par deux puissantes armées. Lucario aux prises avec des Pokémon adverses prévient son maître que les ennemies avancent, puis aveuglé, il parvient à se défaire des Démolosse qu'il a en face de lui.
Dame Florinne, la princesse est bien décidée à tomber en même temps que le royaume, Aaron part régler la situation et commence par sceller Lucario dans son bâton telle une Pokéball.
Les deux armées s'entrechoquent avant que l'Arbre des Origines ne se mettent à briller. D'après la mère racontant l'histoire à son enfant, Dame Florinne comprit qu'Aaron en était à l'origine et le résultat fut la disparition de la haine et de l'envie de combattre des deux armées qui allaient détruire le royaume, Aaron devint ainsi, pour l'histoire, l'Aura Gardien.Le Pokégroupe arrive au palais Cameran pour la célébration du héros Aaron.
Au même moment, Mew se transformant en différents Pokémon se faufile à l'intérieur. Puis c'est au tour du Pokégroupe de s'habiller en costumes d'époque, la Team Rocket faisant de même. Le tournoi célébrant le héros est ouvert par Dame Justine, Sacha ouvre le bal, se hisse en finale et gagne le tournoi tout ça sur le générique d'ouverture du film. Le jeune Dresseur obtient ainsi le droit d'être l'Aura Gardien de l'année.
Il peut tenir le bâton du gardien et entend la voix de Lucario, durant le bal qui suit, Sacha et Flora appellent leurs Pokémon pour qu'ils profitent de la fête, mais Sacha est cloué à son fauteuil. Pierre fait la cour à une femme qui s'éclipsera dans la soirée pour partir à la recherche de Mew avec à distance son majordome Banks lui donnant les infos dont elle a besoin.Lucario vient de se réveiller.
Mew sous forme d'un Capumain a entraîné les Pokémon de Sacha et Flora au grenier du palais pour s'amuser tous ensemble, ils sont interrompus par Miaouss puis par les Dimoret de Kidd, la femme à la recherche de Mew. Un combat s'en suit et Mew finit par s'enfuir avec Miaouss et Pikachu. Sacha doit donner le signal pour le feu d'artifice déclenchant par la même occasion la libération de Lucario, celui-ci confond Sacha avec son maître et retrouvant la vue, comprend son erreur et fuit ne comprenant pas la situation. Il se retrouve dans la chambre qu'il occupait avec Aaron et y trouve un musée.
Dame Justine, accompagnée du Pokégroupe, vient le trouver puis lui explique le fait qu'il a disparu pendant des siècles. La légende vient alors bousculer les souvenirs de Lucario, et Sacha apprend qu'il a la même aura qu'Aaron puis que Pikachu a disparu avec Mew. Le groupe apprend le lieu où retrouver Mew, et est rejoint par Lucario, d'après le désir de Dame Justine puis par la femme que Pierre courtisait et qu'il reconnaît comme étant Kidd Summers, une célèbre aventurière. Guidé par Lucario et son pouvoir de détection des auras, le groupe est conduit en Hummer vers l'Arbre des Origines, où Mew prend grand soin de ses invités. Pendant une pause repas, le groupe rencontre un Manzaï qui décide de les suivre.
Arrêté par des geysers, le groupe fait une pause dans une source d'eau chaude où Sacha apprend sa capacité à activer les Fleurs du Temps montrant un passé plus ou moins lointain. Le soir venu, Sacha raconte au groupe comment il est devenu ami avec Pikachu grâce à une attaque de Piafabec. Suite à ce souvenir, Lucario montre sa frustration et se dispute fortement avec Sacha, les deux en venant aux mains. Flora fait la leçon au jeune Dresseur pendant que Max réconforte le Pokémon avec du chocolat.
James est englouti sous les yeux d'Éoko.Le lendemain, l'équipée tombe sur l'endroit où Lucario a été enfermé par Aaron et voit la suite de la scène où une des armées fonce à travers ce canyon. Sacha s'excuse de son comportement de la veille et est sauvé par Lucario de l'attaque de Regirock. Le groupe s'enfonce profondément dans le canyon et finit par entrer dans l'Arbre des Origines. Kidd lance ses robots de surveillance, mais certains finissent comme aspirés par les cristaux où ils se posent, d'autres sont écrasés par Registeel et la plupart des autres seront détruits comme le note Banks.
En route pour retrouver Pikachu, Sacha et Lucario sont stoppés par Regice. Le groupe retrouve alors le duo Rocket poursuivi par Registeel et Regirock, Team Rocket qui est engloutie par la substance orangée que Kidd aidé de Banks identifie comme le système immunitaire de l'Arbre des Origines. Le reste du groupe doit continuer à fuir toujours poursuivi par les golems.
Flora, Max et Pierre finissent, eux aussi, engloutis par l'Arbre des Origines, Sacha de son côté retrouve Pikachu, mais très vite Sacha, Pikachu, Kidd et Miaouss doivent fuir devant les golems. Finalement Kidd et Sacha sont aussi avalés par l'Arbre des Origines. Les Pokémon de Sacha pleurent leur Dresseur, Mew réagit en poussant l'Arbre à relâcher tous les humains avalés précédemment. Cette soudaine suractivation du système immunitaire met à mal l'Arbre qui commence à s'effondrer tout comme Mew qui se force à amener le groupe de Sacha vers la salle centrale.
Lucario y trouve les gants du Seigneur Aaron et celui-ci cristallisé, Sacha y active une Fleur du Temps révélant qu'Aaron s'est sacrifié pour arrêter la guerre et a scellé Lucario pour qu'il ne se sacrifie pas aussi. Lucario comprend qu'il va quand même devoir faire don de sa vie pour sauver Mew et l'Arbre des Origines, mais il n'est pas assez fort et Sacha doit lui prêter main-forte malgré les risques encourus. Au dernier moment, Lucario éloigne Sacha du danger tout en sauvant Mew et l'Arbre.
Avant de devenir un cristal, Lucario voit les derniers moments de son maître lui étant directement destinés. Sacha et Kidd retrouvent Flora, Max et Pierre qui apprennent que Lucario est parti rejoindre un vieil ami. Le générique de fin montre le retour du Pokégroupe au Palais où le portrait d'Aaron est désormais accompagné de Lucario, puis le Pokégroupe fait ses adieux à Kidd Summers, quant à Mew il a trouvé un nouveau compagnon de jeu avec Manzaï, alors que Kidd visite Forina et que Lucario est en compagnie d'Aaron dans un autre monde.
